As principais ameaças da toupeira-de-água e o seu hábitat que podemos considerar são:

Perda de qualidade das águas e diminuição do caudal os rios

A toupeira-de-água é uma espécie de caráter semi-aquático, afetada negativamente pela alteração da composição química da água, entre outros motivos, porque afeta os macroinvertebrados bentónicos dos quais se alimenta. As causas da perda de qualidade são diversas e entre elas é possível destacar a atividade de mineiração desenvolvida na vertente meridional da cordilheira cantábrica que torna leitos dos rios lixiviados ricos em metais pesados. Estes entraram na cadeia trófica através dos macroinvertebrados num primeiro nível e, depois, na ictiofauna e fauna que se alimenta deles, como a toupeira-de-água ibérica.

Do mesmo modo, a acumulação de sedimentos nos leitos dos rios, fruto da erosão de áreas contíguas ao leito, altera a composição química da água e reduz a abundância de macroinvertebrados. Outras atividades, tais como a extração de áridos, modificam o regime hídrico do rio e o fundo sobre o qual se assentam as comunidades bentónicas das quais a toupeira-de-água ibérica se alimenta. O aumento da população nos núcleos urbanos de montanha, especialmente durante a temporada estival, acarreta o aumento do consumo de água e, consequentemente, o volume de despejos nos rios insuficientemente depurados.

Por outro lado, a extração de água implica na diminuição temporária do caudal circulante em superfície, cuja presença permanente é necessária para a toupeira-de-água. Neste sentido, a agricultura e o gado são duas atividades que afetam diretamente o ecossistema da toupeira-de-água.

Descontinuidade longitudinal e transversal dos leitos

O uso da água para atividades económicas, como a agricultura e o gado, provocou um aumento de demanda que tem feito diminuir de forma considerável o caudal nos rios. Para a sua captação realizam-se obras de fábrica que dificultam o trânsito da toupeira-de-água e da ictiofauna. A existência de barragens sem uma avaliação técnica produz detrações incontroladas de água que provocam diminuições do nível inclusive abaixo do nível ecológico.

Do mesmo modo, o aproveitamento da água para a geração de energia elétrica tem obrigado a construir represas e minicentrais hidrelétricas que alteram o regime hídrico do rio e atuam como barreira, impedindo a passagem das toupeiras-de-água ao longo da bacia. Criam-se assim pequenos núcleos de população nos quais o risco de extinção estocástico ou catastrófico aumenta enormemente. Além disso, impede-se a recolonização por sobreviventes de outros pontos da bacia. Por outro lado, a lâmina de água formada acima constitui um hábitat no qual a toupeira-de-água não pode sobreviver pela excessiva profundidade e falta de circulação. Quedas de água, a artificialização da regularidade do caudal pela liberação súbita de grandes quantidades de água alternada com caudais insuficientes, afeta o hábitat dos macroinvertebrados bentónicos dos quais a toupeira-de-água se alimenta.

Fragmentação das unidades populacionais

As populações de toupeira-de-água estão fragmentadas tanto entre bacias como numa mesma bacia. Esta conclusão baseia-se nas entrevistas e estudos levados a cabo recentemente.

As populações, ao se tornarem menores, ficam mais vulneráveis diante das demais ameaças e, além disso, tornam-se geneticamente menos variáveis, o que, em longo prazo, dificulta a adaptação e reprodução.

Degradação do hábitat (ribeiras e leitos fluviais)

Os bosques de ribeira como os amieiros, freixos e bosques de galeria de Salix sp. sofreram um importante retrocesso, especialmente em zonas antropizadas ou que foram artificializadas sem se considerar os seus efeitos no meio. Por outro lado, a regulação artificial dos leitos para a produção de energia elétrica ocasiona de forma habitual uma perda de vegetação. De igual forma, as barragens de água que diminuem os caudais alteram a estrutura destes hábitats, já que afetam o crescimento normal das espécies vegetais. Produz-se, então, a sua debilitação e consequentemente são mais propensas às patologias e à entrada de espécies alóctones.

Por outro lado, a destruição das ribeiras e da sua vegetação natural pode afetar os lugares de nidificação e refúgio da toupeira-de-água. Nestes casos, o isolamento do leito é maior, o que eleva a temperatura da água e afeta as barragens da toupeira-de-água ibérica.