Las principales amenazas del desmán y su hábitat que se pueden considerar son:

Pérdida de calidad de las aguas y disminución del caudal de los ríos

El desmán ibérico es una especie de carácter semiacuático a la que la alteración de la composición química del agua afecta negativamente, entre otros motivos, porque afecta a los macroinvertebrados bentónicos de los que se alimenta. Las causas de la pérdida de calidad son diversas y entre ellas se pueden citar la actividad minera desarrollada en la vertiente meridional de la cordillera cantábrica que ha incorporado a los cauces de los ríos lixiviados ricos en metales pesados. Estos han entrado en la cadena trófica a través de los macroinvertebrados en un primer nivel y a continuación en la ictiofauna y fauna que se alimenta de ellos, como el desmán ibérico.

Igualmente, la acumulación de sedimentos en los lechos de los ríos, fruto de la erosión de áreas contiguas al cauce, altera la composición química del agua y reduce la abundancia de macroinvertebrados. Otras actividades, como la extracción de áridos modifica el régimen hídrico del río y el fondo sobre el que se asientan las comunidades bentónicas de las que se alimenta el desmán. El aumento de la población en los núcleos urbanos de montaña, especialmente durante la temporada estival, hace que se incremente el consumo de agua y consecuentemente el volumen de vertidos a los ríos insuficientemente depurados.

Por otra parte, la extracción de agua conlleva la disminución temporal del caudal circulante en superficie, cuya presencia permanente es necesaria para el desmán. En este sentido, la agricultura y la ganadería son dos actividades que afectan directamente al ecosistema del desmán.

Discontinuidad longitudinal y transversal de los cauces.

El uso del agua para actividades económicas, como la agricultura y la ganadería, ha generado un incremento de su demanda que ha hecho disminuir de forma considerable el caudal en los ríos. Para su captación se realizan obras de fábrica que dificultan el tránsito del desmán y de la ictiofauna. La existencia de presas sin aforo produce detracciones incontroladas de agua que provocan disminuciones de caudal por debajo incluso del nivel ecológico.

De igual forma, el aprovechamiento del agua para la generación de energía eléctrica ha hecho necesaria la construcción de presas y minicentrales hidroeléctricas que alteran el régimen hídrico del río y actúan como barrera impidiendo el paso de los desmanes a lo largo de la cuenca. Se crean así pequeños núcleos de población en los que el riesgo de extinción estocástico o catastrófico se incrementa enormemente. Además se impide la recolonización por supervivientes de otros puntos de la cuenca. Por otro lado, la lámina de agua formada aguas arriba constituye un hábitat en el que el desmán no puede sobrevivir por su excesiva profundidad y falta de circulación. Aguas abajo, la artificialización de la regularidad del caudal por la liberación súbita de grandes cantidades de agua alternada con caudales insuficientes afecta al hábitat de los macroinvertebrados bentónicos de los que se alimenta el desmán.

Fragmentación de las unidades poblacionales.

Las poblaciones de desmán se encuentran fragmentadas tanto entre cuencas como en la misma cuenca. Esta conclusión se basa en las citas y estudios llevado a cabo recientemente.

Las poblaciones al ser más pequeñas se hacen más vulnerables ante el resto de las amenazas, además se hacen genéticamente menos variables, lo que a largo plazo dificulta su adaptación y reproducción.

Degradación del hábitat (riberas y cauces fluviales).

Los bosques de ribera como las alisedas, fresnedas y bosques de galería de Salix sp. han sufrido un importante retroceso especialmente en zonas antropizadas o que han sido artificializadas sin tener en cuenta sus efectos en el medio. Por otro lado, la regulación artificial de los cauces para la producción de energía eléctrica, ocasiona de forma habitual descalces en la vegetación. De igual forma, las detracciones de agua que merman los caudales alteran la estructura de estos hábitats, ya que afectan al normal crecimiento de las especies vegetales. Se produce su debilitamiento y consecuentemente son más propensas a las enfermedades y a la entrada de especies alóctonas.

Por otra parte, la destrucción de las riberas y de su vegetación natural puede afectar a los lugares de anidamiento y refugio del desmán. En estos casos la insolación del cauce es mayor, lo que eleva la temperatura del agua y afecta a las presas del desmán.